Το Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης ιδρύθηκε το 1993 με το Προεδρικό Διάταγμα υπ’ αριθμ. 57 της 5/3/1993 (ΦΕΚ Α΄, 26) και άρχισε να λειτουργεί κατά το ακαδημαϊκό έτος 1994-95 με την εισαγωγή των πρώτων φοιτητών του. Η αρχική ονομασία του ήταν «Τμήμα Μεθοδολογίας, Ιστορίας και Θεωρίας της Επιστήμης». Με το Προεδρικό Διάταγμα υπ’ αριθμ. 35 της 24/4/2017 (ΦΕΚ Α΄, 59) το Τμήμα μετονομάστηκε και φέρει εφεξής την ονομασία «Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης».