Το έργο του ΜΙΘΕ στηρίζεται από την λειτουργία μιας σύγχρονης βιβλιοθήκης καθώς και 3 ερευνητικών εργαστηρίων.

Η Βιβλιοθήκη του Τμήματος λειτουργεί από το 1995. Η συλλογή της απαρτίζεται από 16.000 περίπου τίτλους βιβλίων και 230 τίτλους περιοδικών. Οι αριθμοί αυτοί συνεχώς αυξάνονται. Καλύπτονται θέματα συναφή με τα αντικείμενα του Τμήματος, όπως φιλοσοφίας, κλασικής αρχαιογνωσίας, θεωρίας της επιστήμης, επιστημολογίας, μεθοδολογίας και ιστορίας της επιστήμης, θεωρίας θεσμών, οικονομικής ανάλυσης του δικαίου κ.ά.
Το Εργαστήριο Ηλεκτρονικής Διαχείρισης Ιστορικών Αρχείων στεγάζεται στο κτήριο δίπλα στο κτήριο γραφείων του Τμήματος. Το Εργαστήριο έχει ως στόχο την ανάπτυξη της κατάλληλης τεχνολογίας και τεχνογνωσίας για τη συγκέντρωση, ψηφιοποίηση και ηλεκτρονική αρχειοθέτηση ιστορικών αρχείων και βιβλιοθηκών.
Το Εργαστήριο Γνωσιακής Επιστήμης και Εκπαιδευτικής Τεχνολογίας στεγάζεται στο κτήριο δίπλα στο κτήριο γραφείων του Τμήματος. Ο σκοπός σύστασης του Εργαστηρίου είναι αφενός να παρέχει υποστήριξη στους μεταπτυχιακούς φοιτητές του προγράμματος "Βασική και Εφαρμοσμένη Γνωσιακή Επιστήμη" με τους υπολογιστές και τα μέσα που διαθέτει και αφετέρου να συμμετέχει σε ποικίλα ερευνητικά προγράμματα
Το Εργαστήριο Φιλοσοφίας, Ηθικής, Πολιτικής και Επικοινωνίας για την Επιστήμη και την Τεχνολογία στεγάζεται στο κτήριο των αιθουσών διδασκαλίας του Τμήματος. Ο θεμελιώδης στόχος του εργαστηρίου είναι η επαναεννοιολόγηση ή και η εισαγωγή νέων εννοιών καθώς και η εισαγωγή θεωρημάτων προς μια ενοποιημένη προσέγγιση στην μοντελοποίηση της γνώσης συγκεκριμένης περιοχής ενδιαφέροντος.